2006年最初の分子は,ラメラリン α20-サルフェート。エイズ薬として期待されている天然化合物の人工合成が可能になったという以下のニュースに出ていたものです。
◎エイズ新薬へ一歩 抑制物質を人工合成 長崎大グループ(2006/01/05,西日本) ※長崎大学工学部・岩尾正倫教授らによる
記事にあるように,従来のエイズ治療薬の主流は逆転写酵素阻害剤(核酸系,非核酸系)とプロテアーゼ阻害剤で,それらとは異なるインテグラーゼ阻害剤の研究が注目されている中での朗報であり,これまでのものとは分子構造が異なるという点で注目される。これにより同化合物やラメラリン系化合物の大量生産が可能になれば,治験が進むことになる。
【参考】CASTpデータで見るHIVインテグラーゼとその阻害剤
※CASTpは,PDB ID または Keyword Search(例えば receptor など),あるいはデータアップでポケット部位が探索可能なサイトです.
●1qs4 Chain AのCASTpデータから ◆CASTpのPocket部分抽出データから ◆CASTpのMouth部分抽出データから |
※amino表示の凡例 ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO = 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 = ※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例 ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS ※極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別 SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP ※疎水性インデックス順 ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE ※等電点順 ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG |
PDB ID | Ligand | Mouth | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
Pocket No. | Area | Volume | Mouth No. | Area | ||
1qs4_A | 5ClTEP | 20 | 81.93 | 123.37 | 20 | 73.83 |
24 | 137.98 | 113.66 | 13 | 51.05 | ||
25 | 145.16 | 106.34 | 23 | 50.44 |